جavad نکونام در تابستان سال ۱۳۹۱ به استقلال پیوست تا در تیمی بازی کند که از بچگی آرزویش را داشت. او گفت: من به استقلال آمدم تا آرزوم را به ثمر برسانم. ولی اواسط آذر ماه سال ۹۱ در برنامه ۹۰ مدعی شد از حضور در استقلال خوشحال نیست و همین مسئله شایعات زیادی را در رابطه با جدایی‌اش از جمع آبی‌پوشان مطرح کرد. پس از این مناقشه علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت باشگاه استقلال جلسه‌ای را با حضور نکونام و امیر قلعه‌نویی برگزار کرد و پس از پایان این نشست بود که جواد در گفت‌وگو با خبرورزشی اعلام کرد در استقلال می‌ماند. او همچنین از برخی اتفاقات و واردشدن به حریم خصوصی زندگی ورزشی‌اش ناراحت بود و مسئله را در این مصاحبه هم بیان کرد. نکونام گفت: من گفتم از بازی کردن در استقلال خوشحال نیستم اما هرگز حرفی از جدایی نزدم الان هم دارم می‌گویم در استقلال می‌مانم و دلم می‌خواهد با این تیم به رویاهایم جامه عمل بپوشانم. جدا از بحث قهرمانی در لیگ برتر، از بچگی دلم می‌خواست با استقلال قهرمان آسیا شوم و امیدوارم بتوانیم همراه با سایر نفرات چنین کار مهمی را انجام بدهیم. من دوست دارم با پیراهن استقلال از میادین خداحافظی کنم.همچنین در این مصاحبه نکونام بر ماهیت دوستانش تاکید کرد و درباره مهدی رحمتی هم nói了一م: مهدی از دوستان خوب من است و این شایعه که می‌گویند ما با هم اختلاف داریم اصلا صحت ندارد. نکونام در این مصاحبه همچنین انتقادش را از وارد شدن به حریم شخصی افراد در فوتبال ایران، جمله گفت: من در تمام دورانی که اروپا بازی می‌کردم نمی‌دانستم همبازیانم چقدر دستمزد می‌گیرند حتی دستمزد مسعود شجاعی که هموطن و همبازی خودم در تیم ملی بود را هم نمی‌دانستم اما اینجا یک عده دلشان می‌خواهد وارد مسائل شخصی تو شده و بدانند چقدر دستمزد می‌گیری درحالی‌که این مسائل کاملا شخصی است.