به منظورکمک به انجام آزمایشات ژنتیک افراد معرفی شده، از طریق تفاهم نامه از بخش غیر دولتی اقدام به واگذاری خدمات آزمایش ژنتیک هول اگزوم با ۱۵درصد پایینتر از تعرفه بخش خیریه و آزمایش های غیر هول اگزوم با ۵ درصد پایینتر از تعرفه خیریه (به غیر از آزمایشهای غیر هول اگزوم ارسالی) اعلامی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مصوبه هئیت وزیران سال ۱۴۰۴ نماید. بدین منظور از موسسات و آزمایشگاه های واجد شرایط عمومی و تخصصی استانی به شرح موارد ذیل دعوت به همکاری می نماید. ضمنا ضروری است آزمایشگاه های متقاضی آمادگی خود را جهت همکاری در طی ۵ روز کاری از زمان ثبت فراخوان اعلام نمایند.

شرایط  عمومی لازم برای موسسه یا آزمایشگاه جهت شرکت در فراخوان:

۱-نظارت کیفی برانعقاد تفاهم نامه در سطح کشور بر عهده تیم نظارتی بهزیستی کشور خواهد بود و در صورتی که تیم مذکور در طول اجرای تفاهم نامه های منعقد شده گزارش های مبنی بر عدم رعایت بندهای مندرج در مشخصات فنی به بهزیستی کشور ارائه گردد، تفاهم نامه های فوق با آزمایشگاه و یا موسسه خاطی به طور خودکار ملغی شده و به دفتر حقوقی معرفی خواهند شد.

۲-موسسه یا آزمایشگاه طرف تفاهم نامه باید دارای حسن سابقه کار بوده و از این نظر مورد تائید سازمان باشد.

۳-موسسه یا آزمایشگاه طرف تفاهم نامه باید ظرفیت ها و قابلیت های لازم برای احراز مسئولیت فوق را داشته باشد.

۴-موسسه یا آزمایشگاه طرف تفاهم نامه باید تاییدیه تیم ارزیابی و ممیزی برای انجام آزمایش هول اگزوم از سازمان بهزیستی کشور را داشته باشد.

۵-موسسه یا آزمایشگاه طرف تفاهم نامه می بایست مدارک و مستندات لازم از جمله پروانه فعالیت آزمایشگاه و… را جهت ارائه به کمیته تخصصی به بهزیستی استان ارائه  و در ضمن آزمایشگاه های متقاضی همکاری در خصوص انجام آزمایش هول اگزوم علاوه بر مدارک فوق، می بایست تصویر گواهی مدراک بیوانفورماتیک و شرکت همکار جهت ارسال نمونه به خارج از کشور، ارسال و اعلام نمایند.

۶-در عقد تفاهم نامه با آزمایشگاه های متقاضی همکاری علاوه بر تعرفه شاخص های کیفی و سوابق فعالیتی نیز مد نظر خواهد بود.

۷-ارسال تصویر جواب آزمایش هول اگزوم به آدرس ایمیل پزشک مسوول کمیته تخصصی استان  (اعلام شده از سوی بهزیستی)

۸-در خصوص ارسال نمونه به خارج از کشور، می بایست وفق دستورالعمل های مربوط به وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی انجام گردد و مسئولیت قانونی در این خصوص بر عهده آزمایشگاه طرف تفاهم نامه می باشد.

9-با توجه به الزام اخذ مجوز ارسال نمونه آزمایش هول اگزوم به خارج از کشوراز وزارت بهداشت، درمان و |آموزشپزشکی، تمام آزمایشگاه های طرف قرارداد می بایست تا آخر شهریورماه سال جاری، مجوز مذکور را از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت نمایند، لذا هرگونه تفاهم نامه همکاری با آزمایشگاه با موضوع مذکور فقط تا پایان شهریور منعقد پگرددو در صورت اخذ مجوز فوق قابل تمدید می باشد.

                        شرایط اختصاصی واگذاری آزمایش هول اگزوم جهت شرکت در فراخوان:

• • • • • • همکاری با مراکز توالی یابی مورد تایید سازمان بهزیستی
            • ازمایشگاه موظف است اطلاعات کامل و دقیق مربوط به مرکز ارائه‌ دهنده خدمات توالی‌یابی را پیش از آغاز همکاری در اختیار سازمان بهزیستی قرار دهد. در صورت تغییر مرکز مذکور در طول مدت قرارداد، آزمایشگاه ملزم است موضوع را به‌صورت کتبی به طرف اول اطلاع داده و تأییدیه مجدد ایشان را پیش از ادامه همکاری با مرکز جدید اخذ نماید.
          • آزمایشگاه موظف است نوع و مدل دستگاه توالی‌یابی مورد استفاده در مرکز ارائه‌دهنده خدمات را به سازمان بهزیستی اعلام نماید. در صورت هرگونه تغییر در دستگاه یا فناوری مورد استفاده در طول مدت قرارداد، آزمایشگاه ملزم است اطلاعات به‌روز شده را در اسرع وقت به اطلاع طرف اول برساند.
          • استفاده از کیت های توالی یابی مورد تایید سازمان بهزیستی:
            • آزمایشگاه موظف است نوع کیت توالی‌یابی مورد استفاده، حداقل میزان داده مورد نیاز جهت دستیابی به خوانش ۱۰۰x و ۲۰۰x، و همچنین فایل BED مربوط به کیت برای هر دو نسخه ژنومی hg۱۹ و hg۳۸ را به سازمان بهزیستی اعلام نماید. در صورت هرگونه تغییر در نوع کیت، میزان داده یا فایل‌های مرتبط، آزمایشگاه ملزم است پیش از پذیرش نمونه‌های جدید، مراتب را به اطلاع سازمان بهزیستی رسانده و تأییدیه لازم را اخذ نماید.
              شایان ذکر است، سازمان بهزیستی حق بررسی، تأیید یا رد کیت و میزان داده پیشنهادی را برای خود محفوظ می‌داند و فرآیند و در صورت نیاز شرایط اخذ تأییدیه را به صورت مکتوب به آزمایشگاه اعلام خواهد نمود.
            • ساز وکار کنترل و تأیید کیت‌ها:
              • آزمایشگاه موظف است اطلاعات کیت را (نامکیت، شرکت سازنده، نسخه کیت، ظرفیت خوانش، درصد نواحی قابل پوشش و فایل( (BED) به طرف اول اعلام نماید.
              • سازمان بهزیستی می‌تواند در صورت نیاز، بررسی آزمایشی ۳ نمونه با کیت جدید را جهت تأیید کیفیت الزامی نماید.
              • در صورت استفاده از کیت بدون تأیید رسمی سازمان بهزیستی، تمامی مسئولیت حقوقی و مالی و عدم پذیرش نتایج بر عهده آزمایشگاه خواهد بود.

*حداقل استانداردها و الزامات کیفیت داده می بایست به شرح زیر رعایت گردد:

با هدف استاندارد سازی و جلوگیری از ارائه داده‌ها و تحلیل‌های بی‌کیفیت، آزمایشگاه موظف است الزامات زیر را در کلیه مراحل تولید، پردازش و تحلیل داده‌های حاصل از توالی‌یابی Whole Exome Sequencing (WES) رعایت نماید:

• • • • • • استانداردهای مربوط به داده خام (FASTQ):
            • میانگین طول خوانش‌ها حداقل ۱۵۰ جفت‌باز به صورت Paired-end.
            • نرخ خوانش‌های تکراری (Duplication Rate) متناسب با میزان داده باشد به طور مثال برای ۸ گیگا باز داده میزان خوانش تکراری باید کمتر از ۲۰% تولید شده باشد.
            • نرخ Q۳۰ بالاتر از ۸۵٪
            • نرخ Mapping بالاتر از ۹۸٪
          • استانداردهای پوشش ژنومی (Coverage):
            • حداکثر ۵٪ از نواحی هدف (با تعریف BED کیت) دارای پوشش کمتر از  ۲۰x باشند.
            • نرخ نواحی بدون خوانش در کل نواحی هدف کیت می بایست کمتر از ۲٪ باشد.
            • توزیع یکنواخت پوشش (Coverage Uniformity): اختلاف میانگین پوشش (Average Coverage) هر کروموزوم نسبت به سایر کروموزوم‌ها نباید بیش از ۱۰٪ باشد، به‌نحوی که توزیع داده‌ها یکنواخت تلقی گردد و از تمرکز یا ضعف شدید پوشش در برخی کروموزوم‌ها جلوگیری شود.
            • میزان Coverage و Depth ژن‌های گزارش‌شده می بایست در جواب درج گردد.
            • در صورت منفی بودن نتیجه، باید ژن‌های مرتبط با فنوتیپ بیماری که بررسی شده‌اند، ذکر شده و ژن‌هایی که در نواحی بدون پوشش قرار دارند نیز مشخص شوند.
          • الزامات مربوط به ذخیره‌سازی و دسترسی داده‌ها:
            • فایل‌های خام (FASTQ) باید به‌ صورت آنلاین ذخیره شده و دسترسی لازم برای سازمان بهزیستی بدون نیاز به درخواست فیزیکی یا انتقال با هارد فراهم باشد،
            • مدت زمان نگهداری فایل‌های FASTQ حداقل ۵ سال پس از پذیرش بیمار الزامی است.
            • در صورت درخواست سازمان بهزیستی فایل‌ها باید به‌صورت رایگان ارائه شوند.
          • الزامات فنی تحلیل داده‌ها: پایپلاین بیوانفورماتیک مورد استفاده باید شامل مراحل زیر باشد:
            • Alignment: تولید فایل BAM یا CRAM به همراه فایل Index.
            • Variant Calling تولید فایل‌ VCF به‌صورت فشرده (Compressed) به همراه Index
            • CNV Calling: تولید فایل CNV در فرمت VCF
            • Variant Annotation : به ‌همراه خروجی در فرمت Excel با حجم کمتر از ۲۰۰ مگابایت (بدون فشرده‌سازی).
            • Variant Classification : بر اساس دستورالعمل ACMG با خروجی Excel.
            • CNV Annotation و CNV Classification: مطابق دستورالعمل ACMG با خروجی Excel.
            • Trio/Duo Analysis : در صورت وجود بیش از یک نمونه از اعضای خانواده، امکان مقایسه و تحلیل خانوادگی فراهم باشد.
            • Exonic Coverage Calculation: بر اساس فایل BED کیت و با ارائه گزارش خروجی پوشش اگزونی ژن‌ها.
            • Quality Control Reports: ارائه گزارش‌های کیفیتی کامل به تفکیک هر مرحله و برای هر فایل ورودی و خروجی.
            • Online BAM/CRAM Viewer: قابلیت مشاهده فایل‌های BAM/CRAM از طریق مرورگر و بدون نیاز به دانلود، با استفاده از نرم‌افزار IGV یا ابزار مشابه.
            • ثبت ورژن نرم‌افزارها و پایگاه‌های داده: در گزارش نهایی اطلاعات مربوط به نسخه‌های نرم‌افزارها و پایگاه‌های اطلاعاتی مورد استفاده (مثل، ClinVar، dbSNP، gnomAD، ACMG Guidelines) به‌صورت دقیق ذکر گردد.
            • محل انجام آنالیز: تمامی  مراحل تحلیل داده باید به‌صورت کامل در داخل کشور (ایران) انجام شود و مستندات مربوط به این موضوع به سازمان بهزیستی ارائه گردد.
              • تبصره: در صورتی که فرآیند توالی‌یابی در خارج از کشور انجام شده باشد، آزمایشگاه موظف است اطمینان حاصل نماید که هیچ‌گونه حق ذخیره‌سازی بلندمدت داده‌های خام یا تحلیل داده‌ها در اختیار طرف خارجی قرار نگیرد و کلیه مراحل بیوانفورماتیکی صرفاً در داخل کشور و توسط منابع داخلی انجام شود.

*سازمان بهزیستی حق بازدید از سرورها، بررسی زیرساخت‌ها و نظارت بر روند انجام آنالیز داده‌ها در داخل کشور را برای خود محفوظ می‌دارد.
تبصره:  آزمایشگاه مسئول صحت و جامعیت تحلیل‌های بیوانفورماتیک و صحت گزارش‌های ارائه‌شده می‌باشد.

*آزمایشگاه می بایست تفسیر و توضیح در خصوص جهش و یا جهش های پیدا شده در آزمایشات را نیز ارائه دهد.

*اعلام نتایج حاصله از آزمایشات هر ۶ ماه یکبار به معاونت توانبخشی بهزیستی شهرستان/ استان بصورت فایل اکسل در DVD (در قالب فرم ضمیمه ۳)

*ثبت نام در سامانه دانا و تکمیل فرم گزارش گیری نتایج آزمایش whole Exome Sequencing بصورت سالانه

*اعلام موارد Incidental finding طبق دستورالعمل ACMG (اعلام سایر واریانت های غیر طبیعی که در درخواست اولیه وجود نداشته اند)، همچنین اعلام مواردی که فرد ناقل واریانت های pathogenic یا likely pathogenic در بیماری هایی است که اندیکاسیون تشخیص قبل از تولد یا PGD به منظور جلوگیری در بارداری های آتی دارند.

*همکاری در تشکیل بانک اطلاعاتی جهش های ژنتیکی در کشور

*ارسال لیست اسامی خدمت گیرندگان و فاکتورهای مربوطه به سازمان بهزیستی، جهت دریافت کمک هزینه انجام آزمایشات همراه با تکمیل فرم متقاضیان کمک هزینه انجام آزمایش

تبصره: نیروهای بکار گرفته شده در آزمایشگاه هیچ گونه رابطه استخدامی با سازمان بهزیستی ندارند و مسئولیت پرداخت حقوق و مزایای قانونی ایشان به عهده آزمایشگاه می باشد و عواقب ناشی از بدهی و مسائل حقوقی و قانونی آن تماما بر عهده آزمایشگاه است.

تبصره: آزمایشگاه متعهد می گرددکه مشمول قانون منع مداخله کارکنان دولت در معاملات دولتی نباشد.

تبصره: در صورتی که آزمایشگاه نمونه را به خارج از کشور ارسال می نماید، می بایست در این خصوص ضوابط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی را رعایت نماید و در غیر این صورت هیچ مسئولیت قانونی متوجه سازمان بهزیستی نخواهد بود