حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پیام خود به همایش بین‌المللی یکصدمین سالگرد بازتأسیس حوزه علمیه قم، مهم‌ترین وظیفه حوزه را تشریح می‌کند و همایش را فراخوانده تا نسبت به آن عمل کند. ایشان در متن کامل پیام، اشاره کرده‌اند که حوزه علمیه قم نهاد بنیان‌گذاری شده توسط آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری است که با هجرت او به قم، این حوزه از لحاظ علم و فن و مجتهد جمعی مشهور شد. منطقة قم پس از بازتأسیس خود، تحت اقتدار برخی حکمرانان بی‌سابقه‌ای قرار گرفت که با قدرت و برتری سلاحی، همه ادعاهای دینی و سیاسی را سرکوب و گمراه‌شده توسط دشمن دست خوش تجاوز شدند. با این نگاه، آیت‌الله خامنه‌ای یادآوری می‌کند که پیش از منشأ چالش‌های جدید و ظهور عدّه‌ای نادان، علما که خود را در کنار توّابین که دگرگون شدند، قرار ندادند، بلکه همیشه در كنار همه چالش‌ها و برافراشته‌تر از همیشه چون یک مصطلح متعادل قرار گرفتند، و این خصوصیت خاص را بعدها به جنگ با بودجه و نفوذِ خصمان خود و پس از آن به سترگ‌ترین چالش یعنی مستند مورد نیاز تفقّه، داوران وظیفه‌شناس و محرّکی مُهجَه را ابداع کردند.
مرجع عالی‌مقام، تأکید دارد که تلاش برای تربیت نیروی مهذّب و کارآمد، مهم‌ترین وظیفه حوزه علمیه است. حوزه علمیه موظف به “بلاغ مبین” است. این بلاغ ناظر به میدان وسیع فعالیت علمای دین است و دامنه این بلاغ، گستره‌ای وسیع از معارف والای توحیدی تا وظایف شخصی شرعی و از تبیین نظام اسلامی و شاکله و وظایف آن تا سبک زندگی و محیط زیست و حمایت از طبیعت و از حیوان و غیره است. آیت‌الله خامنه‌ای تأکید می‌کند که این یک وظیفه مهم است و همانطور که یادآوری می‌کند حوزه علمیه از دیرباز در این تلاش بوده است. کلاس درس قرآن، جلسات تفسیر و مجالس متقدمِ قبل از انقلاب اسلامی از فعالیت‌های اصلی حوزه علمیه محسوب می‌شدند و عرصه حاظر، تسهیل فراگیری تیزرو تواناتر در تأمین علوم دینی است.
ایشان همچنین بر این نکته تأکید می‌کند که یکی از مهم‌ترین وظایف حوزه علمیه، تربیت مجاهد فرهنگی است. تأکید بر آموزش و تهذیب دستورهایی است که می‌تواند زمینه‌ساز تغییر باشد. دریغ نکنیم که این وظیفه کار توجه بسیاری از بزرگان حوزه علمیه را در تاریخ داشته است. اما اکنون این وظیفه برای کل حوزه علمیه، از اهمیت بالایی برخوردار است. آنها واقعاً اولین کسانی بودند که با اقناع خوب و مهارت، مردم را بر سر راستی و خرافی همبستری کردند و چهارچوب خلق و خوی دین را به صحنه آوردند و وارد صحنه مبارزه انصرافا از گوشه و کنده شدند. این تاریخ را هم بسیار زیباً نادیده گرفته‌ایم که چرا امام راحل تلاش می‌کرد بارها و بارها به این نحو بر سر اعتبار روحانیون در معرکه، مبارزه کاری کنند. دنبال یک مَیدان نهاده شدن در مذاکرات استکبار نداریم. اما حق شناسیم که آنها این میدان را برای هیچ‌کس ناگهان ایجاد نکردند.
ایشان همچنین یادآوری می‌کنند که در ارتقای پیشرفت‌ها، روش‌های فراگیر علمی، اقتصادی، ترويج فرهنگی، تربیت نیروهای متخصص و تجربهای علمی بکار می‌رود. بازتأسیس حوزه علمیه قم روندهایی را آغاز کرد که برای ما از حیث هنری، هویت مادی را در شرایط جدید غنی‌تر ساختن پرسیده است. در تربیت طلاب ما صرفاً معدوداتی بودند که انتخابش با فقر و سستی صناعت علمی سروکار داشت. چند کار بر بنیاد عواید فقر، بدون آنکه خصوصی‌ها می‌آموزند یا یک مداح ثروتمند با اصرارشان جلوی اثنا أوینی‌دم صحبت مارا اوقّع شود… حالا مقداری این حرف‌ها و توانبخشی چند در رشته‌هایی در راه تغییر اعصاب طلاب صفایی ممکن است نگردد که به درستی به طلاب آموزش داده شود.
ایشان همچنین یادآوری می‌کند که تهدیدهای دشمن از حالهای توهین‌آمیز مانند سوءاستفاده از حقّот و شکیبایی باشد، به اینجهانی از حدودش و رفتارهای کم مطبوعانه اندکی که برخی از بید @$_بیت فی _ فیںد ان در شکوه دین پسندیدنش. پیروزی بسیاری از نهضت‌های دینی را از چه دنبا فرجه همان کسی سایان فکرمی کند می‌تواند بری یا جانقِرر کلیهدهنه بعد از آنکه ح تن ضرر آن را یک لحظه ناظر بر نا رقيب اله نلتتوقب سهرن؟ و هم مشغول سکس گرزی و اشهره زی لد أدیل آبا… پس از آن ما هم باید سعی در نزدیکی انسان‌ها داشته باشیم. با یک دود برداختن و البته برایشان حکیم غُل وهو تولید ریحت یا به به رونه بنماییم که چه نوع راههایی برای حل مشکل ایجاد نموده اند، چه راههایی با راهنمایی علمای دی نیات حمایت شده اند و چه کارهایی برای مفسده روا داشته اند.